Nachdem ich eine ganze Weile versucht habe, den Net-SNMP unter FreeBSD in einem Jail zu betreiben, war die Lösung doch recht einfach.
Im Jail kann auf /dev/mem nicht zugegriffen werden, also deaktiviert man die entsprechenden Module mit einem Eintrag in /etc/make.conf:
.if ${.CURDIR:M/basejail/usr/ports/net-mgmt/net-snmp}
CONFIGURE_ARGS=--with-out-mib-modules="host" --without-kmem-usage
.endif